阿古柏年进入喀什噶尔，年被左宗棠击败，祸害新疆达十三年，给当地人民带来了无尽的灾难。那么，阿古柏之乱到底是怎么来的呢？
鸦片战争以后，中国大地上各种矛盾激化，新疆也不能例外，既有反抗压迫的农民暴动，也有分裂国家的叛乱，还有宗教纠纷，外国势力的入侵等，这些加在一起，搞得新疆各地动荡不安。
年6月，新疆爆发了近代史上规模最大的农民暴动浪潮。这些起义斗争，开始带有反抗清朝阶级压迫的性质，并取得了很大胜利。
但是很快，各个队伍的领导权，就被新疆的地方封建主和宗教上层人物所篡夺，几个主要集团互不统属，形成了封建割据的局面。
年的莎车这些割据政权，通过煽动民族仇杀和宗教斗争，相互攻伐，抢夺地盘，有的甚至与外国侵略者勾结，出卖民族利益。
以库车为中心，是热西丁和卓，
以乌鲁木齐为中心，是妥明政权，
以和阗为中心，由伊斯兰法官哈比布拉.阿吉所占据，他自称“帕夏”。
以伊犁为中心，是塔兰齐苏丹政权。
以喀什噶尔为中心，先是白山派首领马木提艾来木称王，后伽师的回族封建主金相印，勾结柯尔克孜族部落头目司迪克，夺取首领之位。
喀什噶尔的这次权力争夺，成为后期新疆巨大灾难的导火索。
士兵在练习射击喀什噶尔的数十位阿訇、伯克不愿臣服于司迪克。而司迪克和金相印为了控制喀什噶尔局势，也迫切需要立一位牌位，此时张格尔的儿子布素鲁克正在塔什干，因此，在年底，司迪克和金相印也派人赴浩罕，请求浩罕汗王安排布素鲁克来喀什噶尔，借以稳定其统治。
正是这次求援，引来了阿古柏，司迪克和金相印成为引狼入室的罪人。
浩罕汗国统治者随即派阿古柏领兵，携布素鲁克，由金相印引路，入侵新疆，在年9月至年间，相继攻占了喀什噶尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、库车、库尔勒等地，将天山南路各地的集团首领全部消灭，除伊犁被沙俄占领外，几乎统一了新疆全部。到年败死时，阿古柏及其浩罕军队占据新疆南部达十三年之久。
阿古柏伪政权地图阿古柏给新疆带来了巨大灾难，那几位带路党也没有好下场。
布素鲁克生活荒淫，没有军政能力，大权由阿古柏掌握。一些布鲁特人想拥立布素鲁克自立。阿古柏抢先下手，胁迫他赴麦加朝圣，后被阿古柏秘密处死。
回民首领金相印，在引阿古柏入疆后，反而被阿古柏赶下台。清军平定新疆时，他四处逃匿，年，被清军抓住处死。
柯尔克孜头目司迪克，本来只想要个和卓后裔以作牌位，谁知来了军事能力突出的阿古柏。阿古柏一到喀什噶尔，便组织兵变，将司迪克逐出。司迪克率余柯尔克孜兵回袭喀什噶尔，被阿古柏率仅名骑兵就击败，一个月后，司迪克残部被阿古柏彻底消灭。
莎车的回军阿古柏本是浩罕汗国人，是个地地道道的外来侵略者，他入侵新疆后，实行残暴的专制统治，在新疆极力榨取和搜刮，大肆实行民族屠杀，使当地的社会生产遭到空前破坏。
历史已经证明，阿古柏是新疆各族人民的死敌，那些愚蠢的部落首领，只顾眼前利益，引狼入室，给新疆带来灾难，也将自己钉在历史耻辱柱上。
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